实验室高通量植物表型成像系统——Scanalyzer HTS
日期:2017-04-07 11:47:59

全自动、高通量对大量植株进行成像

特别适合植物功能基因组学和植物表型组学

遗传育种、突变株筛选、表型筛选的强大工具

机器人技术、图像分析和大规模计算能力的完美结合

1.jpg

 

       

        实验室高通量植物成像系统——Scanalyzer HTS是一套可以全自动、高通量对大量小植株进行成像的系统,可以选择配置可见光(VIS)成像、近红外(NIR)成像、红外(IR)成像、荧光成像或激光扫描3D成像(只适合高度15 cm以下的小植株)中的一种或多种。成像系统带程控移动装置,可以在X轴和Y轴上进行移动,并配有射频或条形码读取器。Scanalyzer HTS系统通过软件控制摄像头移动到样品上方(多孔板或小盆)进行拍照,照片数据与该样品的电子标记(射频或条形码)一起存储。软件也可控制摄像头对多孔板上的每个孔进行单独成像,每个孔的数据分布存储(告诉软件多孔板类型,然后自动编码,如A01、A02……)。

 

        软件可以控制系统每天自动对样品进行成像,获得样品成像的时间动力学变化。只要点击样品的编码,就可以获得样品的图像及分析数据的时间动力学变化,并可进行复杂的统计学分析和图表分析。 

        系统提供顶部光源和底部光源,并可通过软件控制光强变化。根据测量样品数目的多少,可以选择配置4、24、48或72个多孔板的版本,不同版本的外观尺寸差别很大。如有特殊需要,可以定制更大版本。 

        由于全自动、高通量测量获得的数据非常庞大,本系统必须配置服务器来存储数据。选购PHP远程数据库软件,还可以对系统进行远程原理、控制和分析。


2.jpg


主要功能

3.jpg5.jpg

 


应用领域

植物功能基因组学、植物表型组学、遗传育种、突变株筛选、植物生理学、农业科学、植物病理学、植物形态建模、植物生物信息学、种子生理学、种子病理学、植物胁迫生理学、植物水力学等研究领域。

 


应用实例

整盆拟南芥的GFP成像

        实验室型高通量植物成像系统Scanalyzer HTS特别适合于拟南芥植株的整株甚至是整盆的GFP成像。软件可以自动过滤掉盆和土壤引起的噪音,把有用的图像抽提出来进行进一步分析。对于不同的GFP,可以定制激发波长。下图是整盆拟南芥的eGFP成像。

未标题-1.gif


通过荧光成像进一步分析植物的生理状态

        植物的可见光成像更多的是反映植物的表观信息,对生理状态的反映有限。而荧光成像可以较深入的反映到植物的生理状态,如下图中,热水处理部分叶片后,可见光成像看不出有什么区别,而荧光成像则可以反映出受损伤的部位。

222222.gif


植物的生长动力学变化

        高通量Scanalyzer HTS系统特别适合于研究植物的形态学指标和在生长过程中这些指标随时间的动力学变化,如下图就是利用Scanalyzer HTS系统研究的拟南芥植株面积随时间的动力学变化。利用Scanalyzer 3D系统可以研究玉米等大植株整个生活史的动力学曲线,各种形态学指标都可以测量。

3333.gif

 

利用表型参数的雷达图进行植株分类

        通过Scanalyzer HTS系统可以获得大量的植物表型参数,利用这些表型参数绘制的雷达图,可作为反映植株形态的“指纹图谱”。根据这种“指纹图谱”可以对植株根据表型进行分类,特别适合于数量性状基因座(QTL)研究。下面两个图根据拟南芥的表型雷达图进行的植物分类,对于其它大型的农作物用Scanalyzer 3D系统测量后,也可以获得类似的结果。

9.jpg

图1 拟南芥表型参数的静态雷达图(“指纹图谱”)

利用5种参数做的雷达图,分类结果用颜色显示。数据为拟南芥生长到第13天时的结果。


 

10.jpg

图2 拟南芥表型参数的动态雷达图(“指纹图谱”)

利用5种参数做的雷达图,但增加了时间序列的数据。分类结果用颜色显示。数据为拟南芥生长到第0、4、8、13天时的结果。



产地:德国

收 藏